در ارزیابی سالیانه وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان در بین 58 دانشگاه وزارت متبوع با ارتقاء12 رتبه ای در شاخص های عمومی و اختصاصی در تمامی حوزه ها در رتبه دوم کشوری قرار گرفت.
هر ساله وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی عملکرد دانشگاه های علوم پزشکی را در شاخص های عمومی و اختصاصی در سطح ملی مورد ارزیابی قرار می دهد.